연말정산 의료비 세액공제, 총급여 3% 넘게 써야 받아요

연말정산 의료비 세액공제는 총급여액의 3%을 넘게 쓴 부분부터 시작해요. 일반 의료비는 연 700만원까지, 본인·65세 이상 등은 한도 문구가 없어요.

머니위키 편집팀·2026-10-22 갱신✓법제처 소득세법 제59조의4 원문 대조 · 국세청 종합소득세·연말정산 안내 확인 · 2026-10-22

병원비를 꽤 썼다면 쓴 의료비가 총급여액의 3%를 넘는지가 연말정산의 첫 기준이에요. 넘은 부분의 15%가 세금에서 빠지고, 일반 의료비는 공제 대상 금액을 연 700만원까지만 잡아요. 난임시술비는 30%, 미숙아·선천성이상아 의료비는 20%를 곱해요.

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📌 핵심콕콕

한눈에 보는 연말정산 의료비

공제 문턱
총급여액의 3%을 넘은 부분부터
공제 방식
넘은 부분의 15%를 산출세액에서 공제
일반 의료비 한도
공제 대상 금액 연 700만원까지
한도 문구가 없는 쪽
본인·6세 이하·65세 이상·장애인·중증질환자 등은 한도 문구 없음
난임시술비
공제율 30%
미숙아·선천성이상아
공제율 20%
공제 대상자
기본공제대상자를 위해 쓴 의료비, 나이·소득 제한 없음
실손보험금
돌려받은 금액은 의료비에서 빼고 계산
간소화에 없을 때
홈택스 누락 의료비 신고, 회사 정산 뒤엔 5월 1일~5월 31일 종합소득세 신고
1공제 요건

연말정산 의료비 공제 조건

근로소득이 있고 기본공제대상자를 위해 쓴 의료비가 총급여액의 3%을 넘으면 공제받아요. 못 넘으면 공제받을 금액이 없어요.

  • ① 근로소득이 있는 거주자이고 일용근로자가 아닌가요
    연말정산을 받는 근로자를 말해요. 일용근로자는 이 공제에서 빠져요.
  • ② 병원비를 쓴 사람이 나나 기본공제대상자인가요
    나이와 소득 제한은 받지 않아요. 부양가족으로 올린 사람의 병원비면 대상이 돼요.
  • ③ 쓴 의료비가 총급여액의 3%을 넘나요
    문턱을 넘은 금액만 공제 대상이 돼요.
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의료비 공제는 쓴 병원비 전체가 아니라 총급여액에 3%을 곱한 금액을 넘는 부분만 대상으로 해요. 일용근로자는 이 공제에서 빠지고, 근로소득이 있는 거주자가 본인과 기본공제대상자를 위해 지급한 의료비를 넣어요. 아래 세 가지를 눌러 보면 내가 공제 요건에 들어가는지 바로 알 수 있어요.

근거 조문 보기

소득세법 제59조의4 제2항 근로소득이 있는 거주자가 기본공제대상자(나이 및 소득의 제한을 받지 아니한다)를 위하여 해당 과세기간에 대통령령으로 정하는 의료비를 지급한 경우 다음 각 호의 금액의 100분의 15(제3호의 경우에는 100분의 20, 제4호의 경우에는 100분의 30)에 해당하는 금액을 해당 과세기간의 종합소득산출세액에서 공제한다.

총급여액 3% 문턱은 어떻게 계산하나요

총급여액에 3%을 곱한 금액이 문턱이에요. 쓴 의료비에서 이 금액을 빼고 남은 부분이 공제 대상이 돼요.

문턱은 내 총급여액으로만 정해져서 사람마다 달라요. 총급여액이 낮을수록 문턱이 낮아서 같은 병원비로도 공제받을 몫이 커져요. 일반 의료비가 문턱에 못 미치면 본인·65세 이상 등의 의료비에서 그 부족분을 먼저 빼는 규칙도 있어요. 숫자를 넣은 계산 예시는 다음 대제목에 있어요.

근거 조문 보기

소득세법 제59조의4 제2항 제1호 기본공제대상자를 위하여 지급한 의료비(제2호부터 제4호까지의 의료비는 제외한다)로서 총급여액에 100분의 3을 곱하여 계산한 금액을 초과하는 금액.

일용근로자도 의료비 세액공제를 받나요

받지 못해요. 이 조의 공제는 일용근로자를 뺀 근로소득이 있는 거주자에게 적용돼요.

소득세법의 특별세액공제 조문은 일용근로자를 제외한다고 먼저 정하고, 그 뒤 항목에도 같은 말을 써요. 일용근로자가 아닌 근로자라면 회사 연말정산이나 5월 종합소득세 신고로 공제를 반영해요.

근거 조문 보기

소득세법 제59조의4 제1항 근로소득이 있는 거주자(일용근로자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)

2한도와 공제율

의료비 공제 한도와 계산

문턱을 넘은 금액의 15%가 공제돼요. 일반 의료비는 공제 대상 금액이 연 700만원까지고, 본인·65세 이상 등은 한도 문구가 없어요.

의료비를 쓴 대상별 문턱·공제율·한도 비교
쓴 대상문턱(총급여액 기준)공제율한도내가 할 일
그 밖의 기본공제대상자(6세 이하·65세 이상·장애인이 아닌 가족)총급여액에 3%을 곱한 금액을 넘은 부분15%공제 대상 금액이 연 700만원까지가족 병원비를 한 사람 몫으로 모아 문턱을 넘는지 봐요
본인·6세 이하·65세 이상·장애인·중증질환자 등6세 이하는 과세기간 개시일, 65세 이상은 과세기간 종료일 기준일반 의료비가 문턱에 못 미치면 그 부족분을 뺀 금액15%한도 문구 없음일반 의료비와 합쳐 문턱이 어떻게 채워지는지 봐요
미숙아·선천성이상아앞의 두 종류 합계가 문턱에 못 미치면 부족분을 뺀 금액20%한도 문구 없음해당 사실을 확인할 수 있는 서류를 챙겨 둬요
난임시술비앞의 세 종류 합계가 문턱에 못 미치면 부족분을 뺀 금액30%한도 문구 없음처방받은 의약품 구입비용도 함께 모아 둬요
출처: 법제처 소득세법 제59조의4 제2항(2026-10-22 확인). 공제율은 세율이 아니라 산출세액에서 빼는 비율이에요. 어떤 의료비가 해당하는지는 대통령령이 정해요.
쓴 의료비
300만원

본인 치과 치료비 · 사례용 가정값

→
문턱 3%
120만원

총급여액 4,000만원 × 3 ÷ 100

→
공제 대상 금액
180만원

300만원 - 120만원

→
세액공제액
27만원

180만원의 15%

예

총급여액 4,000만원에 본인 치과 치료비 300만원을 쓴 중견기업 마케터 김도윤 씨 — 일반 의료비가 없어서 문턱 120만원이 부족분이 되고, 본인 의료비 300만원에서 먼저 빠져 공제 대상은 180만원이에요. 여기에 15%를 곱한 27만원이 세금에서 빠져요 (김도윤 씨는 설명을 위한 가상 인물이고, 금액은 사례용 가정값이에요. 배우자·자녀 의료비는 없다고 가정했어요.)

계산은 단순해요. 쓴 의료비에서 총급여액의 3%을 빼고, 남은 금액에 15%를 곱한 만큼을 세금에서 빼요. 본인·6세 이하·65세 이상·장애인·중증질환자 등의 의료비에는 연 700만원 한도 문장이 붙지 않고, 그 밖의 가족 의료비만 연 700만원에서 잘려요. 난임시술비는 30%, 미숙아·선천성이상아 의료비는 20%을 곱해요.

연말정산 모의계산하기정부지원사업 계산기 · 연말정산 전체 세액을 모의계산하는 화면이에요. 내 총급여와 의료비로 공제액을 견줘 봐요
근거 조문 보기

소득세법 제59조의4 제2항 제1호 기본공제대상자를 위하여 지급한 의료비(제2호부터 제4호까지의 의료비는 제외한다)로서 총급여액에 100분의 3을 곱하여 계산한 금액을 초과하는 금액. 다만, 그 금액이 연 700만원을 초과하는 경우에는 연 700만원으로 한다.

본인 의료비는 한도 없이 다 공제되나요

연 700만원 한도는 본인 의료비에 붙지 않아요. 다만 일반 의료비가 문턱에 못 미치면 그 부족분을 먼저 빼요.

본인 의료비에는 연 700만원 한도 문장이 붙지 않아요. 6세 이하는 과세기간 개시일 기준, 65세 이상은 과세기간 종료일 기준으로 나이를 따져요. 일반 의료비가 문턱에 못 미치면 그 부족분만큼 이쪽 금액에서 먼저 빠져요. 그래서 한도가 없어도 쓴 금액 전부가 공제 대상이 되지는 않아요.

근거 조문 보기

소득세법 제59조의4 제2항 제2호 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사람을 위하여 지급한 의료비. 다만, 제1호의 의료비가 총급여액에 100분의 3을 곱하여 계산한 금액에 미달하는 경우에는 그 미달하는 금액을 뺀다. 가. 해당 거주자 나. 과세기간 개시일 현재 6세 이하인 사람 다. 과세기간 종료일 현재 65세 이상인 사람 라. 장애인 마. 대통령령으로 정하는 중증질환자, 희귀난치성질환자 또는 결핵환자

난임시술비나 미숙아 의료비는 공제율이 다른가요

달라요. 난임시술비는 30%, 미숙아·선천성이상아 의료비는 20%을 곱해요.

미숙아·선천성이상아 의료비는 앞의 두 종류 합계가 문턱에 못 미치면 부족분을 빼고 계산해요. 난임시술비는 처방받은 의약품 구입비용도 포함하고, 앞의 세 종류 합계가 문턱에 못 미치면 부족분을 빼요. 두 경우 모두 어떤 의료비가 해당하는지는 대통령령이 정해요.

근거 조문 보기

소득세법 제59조의4 제2항 제3호 대통령령으로 정하는 미숙아 및 선천성이상아를 위하여 지급한 의료비. 다만, 제1호 및 제2호의 의료비 합계액이 총급여액에 100분의 3을 곱하여 계산한 금액에 미달하는 경우에는 그 미달하는 금액을 뺀다.

3실손 보험금

실비 받은 금액은 빼야 하나요?

실손보험으로 돌려받은 금액은 내가 부담한 돈이 아니라서 의료비에서 빼야 해요. 병원 지출액과 보험금을 맞춰 보면 돼요.

  • ✓① 병원에 낸 금액 영수증이나 간소화 자료에 찍힌 지출액이에요.
  • ✓② 보험사에서 돌려받은 금액 실손보험금으로 받은 만큼은 공제 대상 의료비에서 빼요.
  • ✓③ 같은 진료를 두 번 넣지 않기 보험금을 청구한 진료는 청구 내역과 맞춰 봐요.
  • ✓④ 나중에 받을 보험금 아직 못 받은 보험금이 있으면 받은 날짜와 금액을 적어 둬요.

의료비 공제는 내가 직접 지급한 의료비만 계산에 넣어요. 실손보험으로 돌려받은 금액은 내가 부담한 돈이 아니라서 의료비에서 빼고 계산해야 해요. 간소화 자료의 병원 지출액과 보험사에서 받은 보험금을 나란히 놓고 차이를 맞춰 봐요. 그 차이가 공제받을 의료비가 돼요.

근거 조문 보기

소득세법 제59조의4 제2항 근로소득이 있는 거주자가 기본공제대상자(나이 및 소득의 제한을 받지 아니한다)를 위하여 해당 과세기간에 대통령령으로 정하는 의료비를 지급한 경우

실손보험 청구는 병원 서류 없이 되나요

실손24에 연계된 병원이면 앱이나 홈페이지에서 병원 창구 방문 없이 청구해요. 연계가 안 됐다면 참여 요청하기로 요청해요.

실손24는 청구전산화 서비스예요. 계산서·영수증, 진료비 세부산정내역서, 처방전을 종이 발급 없이 보험사로 전자 전송해요. 청구 순서는 병원 선택, 진료일자와 내역 선택, 청구서 작성이라서 어떤 진료를 청구했는지가 남아요. 이용한 병원이 연계되지 않았으면 참여 요청하기 기능으로 병원에 연계를 요청해요.

근거 조문 보기

금융위원회 보도자료 실손보험 청구 전산화가 의원·약국을 포함하여 확대 시행됩니다. 청구전산화를 통해 종이서류 발급 없이 ①계산서·영수증, ②진료비 세부산정내역서, ③처방전을 보험사로 전자적으로 전송할 수 있다.

4가족 합산

부모님·부부 의료비 몰아주기

공제는 의료비를 지급한 사람이 받고, 문턱은 그 사람의 총급여액으로 계산돼요. 총급여가 낮은 쪽일수록 문턱이 낮아요.

가족 병원비를 누가 냈는지에 따라 달라지는 점
상황문턱 계산공제 대상 여부내가 할 일
부모님 병원비를 내가 냈어요내 총급여액에 3%을 곱한 금액부모님이 기본공제대상자이면 나이·소득 제한 없이 넣을 수 있어요부모님이 부양가족으로 올라 있는지 먼저 봐요
배우자 병원비를 내가 냈어요내 총급여액 기준배우자가 기본공제대상자이면 넣을 수 있어요부부 각자 총급여로 두 경우를 모의계산해요
자녀 병원비를 내가 냈어요내 총급여액 기준자녀가 기본공제대상자이면 넣을 수 있어요. 6세 이하이면 본인과 같은 칸에 들어가요자녀 나이를 과세기간 개시일 기준으로 따져 봐요
출처: 법제처 소득세법 제59조의4 제2항(2026-10-22 확인). 누가 기본공제대상자인지는 부양가족 요건으로 따로 정해요. 부부 중 누가 공제받는 게 유리한지는 총급여와 의료비 금액에 따라 달라요.

의료비 공제는 의료비를 지급한 근로자가 받고, 문턱도 그 사람의 총급여액으로 계산해요. 부모님이나 배우자가 기본공제대상자이면 나이와 소득 제한 없이 그 사람을 위해 쓴 의료비를 넣을 수 있어요. 부부는 총급여가 낮은 쪽이 문턱이 낮아 유리할 수 있지만 다른 공제도 얽혀서, 두 경우를 모의계산으로 견줘 보는 방법이 확실해요.

부모님을 부양가족으로 올리는 요건은 부양가족 공제 연말정산 글에서 이어서 볼 수 있어요. 부양가족 공제 연말정산 →

근거 조문 보기

소득세법 제59조의4 제2항 제1호 기본공제대상자를 위하여 지급한 의료비(제2호부터 제4호까지의 의료비는 제외한다)로서 총급여액에 100분의 3을 곱하여 계산한 금액을 초과하는 금액.

동생 건강보험에 올라 있는 부모님 병원비도 제가 공제받을 수 있나요

같이 살고 소득 기준을 채우면 건강보험 피부양자가 동생이어도 기본공제를 받고, 그 부모님 의료비도 넣을 수 있어요.

생활법령정보는 건강보험증 등재 여부가 실제 부양 여부를 뜻하지 않는다고 설명해요. 60세 이상 부모님이 실제로 함께 살고 소득금액 합계액이 100만원 이하(총 급여액 500만원 이하의 근로소득만 있는 경우 포함)이면 기본공제를 받을 수 있어요. 기본공제대상자가 되면 그 부모님을 위해 쓴 의료비를 넣을 수 있어요.

근거 조문 보기

법제처 생활법령정보 각종 세금 공제 등 혜택 따라서 동생의 국민건강보험에 부모님이 등재되어 있더라도 실제로 부모님이 거주자분과 함께 살고 있고, 해당 과세기간의 소득금액 합계액이 100만원 이하(총 급여액 500만원 이하의 근로소득만 있는 경우 포함)라면 종합소득금액을 공제받을 수 있습니다

부부 중 누가 의료비 공제를 받는 게 유리한가요

총급여가 낮은 쪽이 문턱이 낮아 유리할 수 있어요. 두 사람 세액을 모의계산으로 견줘 보면 정확해요.

문턱은 공제받는 사람의 총급여액에 3%을 곱해 정해져요. 같은 병원비라도 총급여가 낮은 쪽에서 문턱을 넘는 부분이 커져요. 다만 세율 구간과 다른 공제까지 얽혀서 최종 세액은 두 경우를 모의계산으로 비교하는 방법이 확실해요.

근거 조문 보기

소득세법 제59조의4 제2항 제1호 기본공제대상자를 위하여 지급한 의료비(제2호부터 제4호까지의 의료비는 제외한다)로서 총급여액에 100분의 3을 곱하여 계산한 금액을 초과하는 금액.

5누락분 신고

간소화에 없는 의료비 신고

병원비가 간소화 자료에 안 나오면 홈택스 조회되지 않는 의료비 신고센터에서 직접 신고해요. 영수증을 챙겨 두면 입력이 빨라져요.

간소화 자료와 영수증을 나란히 놓고 빠진 병원비를 찾아요

홈택스 간소화 자료에서 조회되는 의료비와 내가 가진 영수증을 견줘요. 영수증에는 있는데 조회되지 않는 병원비가 신고할 항목이에요.

준비물 병원 영수증소요 조회는 바로 끝나요

간소화 자료는 회사 연말정산에 쓰는 공제 증명자료예요. 병원이 자료를 올리지 않아 조회되지 않는 의료비는 신고센터에서 직접 신고해요. 회사 연말정산이 이미 끝났다면 다음 해 5월 1일부터 5월 31일 사이 종합소득세 신고에 누락 공제를 담을 수 있어요.

누락 의료비 신고하기국세청 홈택스 · 홈택스 로그인 후 조회되지 않는 의료비 신고센터로 가는 화면이에요
근거 조문 보기

국세청 편리한 연말정산 이용방법 근로자로부터 출력된 연말정산간소화 공제 증명서류를 제출받아 해당 자료를 이용하여 연말정산하는 회사

회사 연말정산이 끝난 뒤 빠진 병원비를 알았다면 어떻게 하나요

다음 해 5월 1일부터 5월 31일 사이에 근로소득 종합소득세 신고로 누락 공제를 반영해요.

근로소득만 있고 연말정산을 했다면 종합소득세 신고를 따로 하지 않아도 돼요. 그래도 빠진 공제를 반영하고 싶다면 5월 신고 기간에 근로소득 종합소득세 신고 화면에서 담을 수 있어요. 그 기간도 지났다면 경정청구로 바로잡는 방법이 따로 있어요.

근로소득 종합소득세 신고하기국세청 홈택스 · 근로소득만 있는 사람이 5월에 누락 공제를 반영하는 화면이에요
근거 조문 보기

국세청 종합소득세 개요 당해 과세기간에 종합소득금액이 있는 자는 다음해 5월 1일부터 5월 31일(성실신고확인서 제출자는 6월 30일)까지 종합소득세를 신고·납부하여야 합니다(소득세법 §70, §70조의2).

회사에는 간소화 자료를 어떤 방식으로 내나요

회사 방식에 따라 출력본 제출, PDF 업로드, 홈택스 온라인 제출로 나뉘어요. 담당자에게 먼저 물어봐요.

국세청은 회사의 전산 환경을 고려해 연말정산 방법을 고르도록 안내해요. 출력한 간소화 자료를 내는 회사도 있고, PDF를 내려받아 회사 프로그램에 올리는 회사도 있어요. 홈택스에서 간소화 자료와 공제신고서를 온라인으로 내는 간편 제출을 쓰는 회사도 있어요.

근거 조문 보기

국세청 편리한 연말정산 이용방법 근로자로부터 출력된 연말정산간소화 공제 증명서류를 제출받아 해당 자료를 이용하여 연말정산하는 회사

?자주 묻는 질문

연말정산 의료비, 이것도 궁금해요

A

총급여액에 3%을 곱한 금액을 넘게 쓴 부분부터 공제 대상이 돼요. 그 넘은 부분의 15%가 세금에서 빠져요.

떠나기 전 체크

  • ✓쓴 의료비에서 총급여액에 3%을 곱한 문턱을 뺀 나머지가 공제 대상이 돼요.
  • ✓일반 의료비는 공제 대상 금액이 연 700만원까지예요. 본인·65세 이상 등은 한도 문구가 없어요.
  • ✓실손보험으로 돌려받은 금액은 의료비에서 빼고 신고해요.
  • ✓간소화 자료에 없는 병원비는 홈택스 누락 의료비 신고센터에서 직접 신고해요.

출처

✓2026-10-22 검증
법령
소득세법 제59조의4 특별세액공제 — 의료비 공제 요건, 총급여액 문턱, 공제율, 연 700만원 한도(제2항)
행정규칙·안내
국세청 종합소득세 개요 — 종합소득세 신고 기간 5월 1일~5월 31일, 근로소득만 있고 연말정산을 한 경우의 신고 안내 · 국세청 편리한 연말정산 이용방법 — 간소화 자료 출력·PDF·홈택스 온라인 제출 방식 · 각종 세금 공제 등 혜택 — 부모님 기본공제 요건, 건강보험 피부양자 등재와 실제 부양 여부 · 실손보험 청구 전산화가 의원·약국을 포함하여 확대 시행됩니다. — 실손24 청구 방법과 병원 연계 요청 기능
검증 방법
검증 방법 — 본문의 숫자와 인용은 법제처 소득세법 제59조의4와 국세청 안내 화면을 직접 열어 추출한 원문과 대조했어요(2026-10-22). 시행령이 정하는 의료비 범위와 실손보험금 처리의 세부 기준은 수집 화면에 없어 세부 금액을 적지 않았어요.

이 글은 법령과 공식 안내를 바탕으로 정리한 참고 자료예요. 개별 사안은 관할 기관이 결정해요. 법령이 바뀌면 표와 위젯의 숫자를 함께 갱신해요.

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