연말정산 난임시술비 공제 방법과 세액공제율, 약국 비용·지원금 정리

연말정산에서 난임시술비는 의료비 세액공제 30% 가 적용되고, 처방받아 산 약국 약값도 난임시술 비용에 포함돼요.

머니위키 편집팀·2026-10-22 갱신✓법제처 소득세법 제59조의4 원문, 국세청 편리한 연말정산 이용방법, 금융위원회 실손24 보도자료 대조 · 2026-10-22

난임시술비와 처방받은 약값을 냈다면 의료비 세액공제를 받을 수 있어요. 난임시술비에는 30%가 적용돼 일반 의료비 15%, 미숙아·선천성이상아 20%보다 높아요. 지원금이나 보험금으로 채워진 금액은 본인이 지출한 돈이 아니라서 빼고 따져요.

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📌 핵심콕콕

한눈에 보는 연말정산

공제 방식
종합소득산출세액에서 직접 빼는 세액공제 예요
난임시술비 공제율
난임시술을 위해 지출한 비용에 30% 가 적용돼요
일반 의료비
기본공제대상자의 일반 의료비는 총급여 3%를 넘는 부분에 15% 예요
미숙아·선천성이상아
대통령령이 정한 미숙아·선천성이상아 의료비는 20% 예요
약국 약값
난임시술과 관련해 처방받은 의약품 구입비용이 포함돼요
3% 문턱
일반 의료비가 총급여 3% 에 못 미치면 부족분을 난임시술비에서 먼저 빼요
신청
공제는 신청해야 적용돼서 회사 연말정산에서 공제신고서로 내요
지원금·보험금
본인이 지출한 비용이 기준이라 채워진 금액은 빼고 따져요
가정 사례
총급여 5,000만원 · 난임시술비 400만원이면 세액이 105만원 줄어요
1신청 순서

연말정산 난임 공제방법

난임시술비를 냈다면 회사 연말정산에서 의료비로 신청해요. 홈택스에서 병원·약국 내역을 조회하고 회사 방식대로 공제신고서를 내면 돼요.

회사가 받는 방식부터 정해요

간소화 자료를 출력해서 내는 회사, PDF로 올리는 회사, 홈택스에서 온라인으로 모으는 회사가 있어요. 회사 담당자 안내를 따라요.

준비물 회사 연말정산 안내

난임시술비는 따로 떼어 신청하는 공제가 아니라 의료비 세액공제 안에 들어가요. 병원과 약국에서 낸 돈이 의료비 자료로 잡히는지 보고, 회사가 정한 방식으로 공제신고서와 증명자료를 내면 돼요. 소득세법은 공제를 신청한 경우에만 적용한다고 정해요. 신청하지 않으면 공제가 안 되니 회사 연말정산 일정에 맞춰 준비해요.

홈택스에서 의료비 자료를 처음 조회한다면 화면별 이용 방법부터 살펴봐요. 연말정산 간소화서비스 이용방법 →

근거 조문 보기

소득세법 제59조의4 제6항 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 공제는 해당 거주자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에 적용한다.

회사마다 제출 방식이 다른가요

달라요. 출력본, PDF, 홈택스 온라인 제출 중 회사 환경에 맞춰 정하니 회사 안내를 먼저 봐요.

국세청은 간소화 자료를 출력해서 내는 회사, PDF로 올리는 회사, 홈택스에서 온라인으로 모으는 회사를 나눠 안내해요. 난임시술비도 의료비로 같이 처리되니 별도 서류를 따로 만들지 않아도 돼요. 어느 방식인지는 회사 연말정산 담당자가 알려줘요.

근거 조문 보기

국세청 편리한 연말정산 이용방법 회사의 전산 및 업무 환경 등을 고려하여 연말정산 방법을 합리적으로 선택

맞벌이라면 배우자 자료를 어떻게 보나요

맞벌이 절세 안내를 쓰려면 부부 모두 공제신고서를 쓰고, 배우자가 제공동의를 먼저 해야 해요.

국세청의 맞벌이 절세 안내는 부부에게 가장 유리한 공제 방법을 알려주는 서비스예요. 배우자가 제공동의를 해도 배우자의 총급여 같은 상세 자료는 보이지 않아요. 난임시술비를 누가 공제받을지 정하기 전에 부부가 함께 공제신고서를 준비해요.

근거 조문 보기

국세청 편리한 연말정산 이용방법 부부 모두 공제신고서를 작성하여야 하고, 본인이 이를 활용할 수 있도록 배우자가 ‘제공동의’를 선행하여야 함(개인정보 보호 목적)

2의료비 항목

난임시술비 세액공제율

난임시술비를 냈다면 30%가 세액에서 빠져요. 일반 의료비 15%, 미숙아·선천성이상아 20%보다 높은 공제율이에요.

의료비 세액공제 항목별 대상과 공제율 비교
구분해당하는 지출공제율독자가 할 일
일반 의료비기본공제대상자를 위해 지급한 의료비15%총급여의 3%를 넘는 부분만 계산돼요
본인·6세 이하·65세 이상·장애인 등과세기간 개시일 현재 6세 이하, 과세기간 종료일 현재 65세 이상, 장애인, 중증질환자 등을 위한 의료비15%일반 의료비가 3%에 못 미치면 그 부족분을 빼요
미숙아·선천성이상아대통령령으로 정하는 미숙아 및 선천성이상아를 위한 의료비20%일반 의료비 합계가 3%에 못 미치면 부족분을 빼요
난임시술대통령령으로 정하는 난임시술을 위해 지출한 비용과 처방받은 의약품 구입비용30%병원·약국 내역이 조회되는지 봐요간소화 자료 조회하기
소득세법 제59조의4 제2항 기준이고 법제처 원문을 2026-10-22에 확인했어요. 세액공제율이며 시술 범위는 대통령령이 정해요.

난임시술비에는 30%가 적용돼 일반 의료비 15%, 미숙아·선천성이상아 20%보다 높아요. 일반 의료비처럼 총급여 3%를 넘어야 시작하는 방식이 아니라, 일반 의료비가 3%에 못 미칠 때 그 부족분만 난임시술비에서 빼는 방식이에요. 공제는 세금 자체에서 빼는 세액공제라서 종합소득산출세액이 그만큼 줄어요.

공제가 최종 세금에 어떻게 반영되는지 결정세액 흐름으로 이어서 따져요. 연말정산 결정세액 →

연말정산 모의계산하기정부지원사업 계산기 · 총급여와 의료비를 넣어 내 세금이 얼마나 달라지는지 계산해 봐요.
근거 조문 보기

소득세법 제59조의4 제2항 근로소득이 있는 거주자가 기본공제대상자(나이 및 소득의 제한을 받지 아니한다)를 위하여 해당 과세기간에 대통령령으로 정하는 의료비를 지급한 경우 다음 각 호의 금액의 100분의 15(제3호의 경우에는 100분의 20, 제4호의 경우에는 100분의 30)에 해당하는 금액을 해당 과세기간의 종합소득산출세액에서 공제한다.

난임시술비 전액이 공제되나요

전액이 아니라 30%가 세금에서 빠져요. 일반 의료비가 총급여 3%에 못 미치면 부족분을 난임시술비에서 먼저 빼고 계산해요.

총급여 5,000만원 × 3%
150만원

가정 사례. 일반 의료비가 이 금액에 닿아야 해요

→
일반 의료비 100만원
50만원 부족

150만원에서 100만원을 뺀 값

→
난임시술비 400만원 - 50만원
350만원

부족분을 먼저 뺀 공제 계산 금액

→
× 30%
105만원

세액에서 줄어드는 금액

회사원 박서연 씨가 총급여 5,000만원에 일반 의료비 100만원, 난임시술비 400만원을 썼다고 가정해 볼게요. 문턱인 150만원에 일반 의료비가 50만원 모자라니 그 50만원을 난임시술비에서 빼면 350만원이 남아요. 여기에 30%를 곱한 105만원이 세액에서 줄어요.

근거 조문 보기

소득세법 제59조의4 제2항 제4호 대통령령으로 정하는 난임시술(이하 이 호에서 “난임시술”이라 한다)을 위하여 지출한 비용(난임시술과 관련하여 처방을 받은 「약사법」 제2조에 따른 의약품 구입비용을 포함한다). 다만, 제1호부터 제3호까지의 의료비 합계액이 총급여액에 100분의 3을 곱하여 계산한 금액에 미달하는 경우에는 그 미달하는 금액을 뺀다.

3약값 범위

난임 약국 비용도 공제되나요?

난임시술 중 처방받아 약국에서 산 약값은 시술비에 포함돼 30%가 적용돼요. 처방 없이 산 약은 이 항목이 아니라서 따로 확인해요.

  • ① 난임시술과 관련된 약인가요
    시술을 받는 과정에서 병원이 처방한 약이 해당해요.
  • ② 의사 처방을 받아 약국에서 구입했나요
    난임시술비 항목은 처방받은 의약품 구입비용을 포함한다고 정해요.
  • ③ 본인이나 기본공제대상자를 위해 낸 돈인가요
    기본공제대상자는 나이와 소득의 제한을 받지 않아요.
  • ④ 홈택스 의료비 자료에 약국 내역이 보이나요
    병원과 약국 내역이 의료비 자료로 조회되는지 확인해요.
항목을 눌러 보세요. (0/4)

난임시술을 받는 중에 처방받은 약을 약국에서 샀다면 그 약값도 난임시술 비용에 들어가요. 소득세법이 난임시술과 관련해 처방을 받은 의약품 구입비용을 난임시술 비용에 포함한다고 정해요. 그래서 시술비와 같은 30%가 적용돼요. 처방과 무관하게 산 약은 이 항목이 아니라서 회사 연말정산 담당자에게 어느 항목으로 넣는지 물어요.

약국 내역처럼 간소화에서 빠진 항목은 직접 챙기는 방법을 이어서 봐요. 연말정산 간소화 누락 항목 직접 챙기기 →

누락 의료비 신고하기국세청 홈택스 · 홈택스 → 연말정산간소화 → 조회되지 않는 의료비 신고센터. 로그인이 필요해요.
근거 조문 보기

소득세법 제59조의4 제2항 제4호 난임시술과 관련하여 처방을 받은 「약사법」 제2조에 따른 의약품 구입비용을 포함한다

약국 영수증이 홈택스에 안 보이면 어떻게 하나요

홈택스 조회되지 않는 의료비 신고센터에서 누락분을 신고해요. 약국 영수증과 처방전을 보관해 두고 회사 안내를 따라요.

모든 약국 내역이 간소화 자료에 바로 보이는 것은 아니에요. 누락된 내역은 신고센터에 올리고, 그 사이 회사 제출 기한은 담당자 안내에 맞춰요. 약국 영수증과 처방전은 연말정산이 끝날 때까지 버리지 않아요.

약국 비용으로 실손보험 청구도 할 수 있나요

할 수 있어요. 약국도 실손24 대상이라 영수증·처방전을 보험사에 전자로 보낼 수 있고, 세금 공제와는 별개 절차예요.

실손24는 종이서류 없이 영수증, 진료비 세부산정내역서, 처방전을 보험사로 보내는 서비스예요. 이용한 약국이 연계되어 있지 않으면 실손24의 참여 요청하기 기능으로 요청해요. 이렇게 보험금을 받았다면 아래 지원금 항목처럼 본인이 낸 금액을 따로 가려야 해요.

근거 조문 보기

금융위원회 보도자료 실손보험 청구 전산화 확대 시행 청구전산화를 통해 종이서류 발급 없이 ①계산서·영수증, ②진료비 세부산정내역서, ③처방전을 보험사로 전자적으로 전송할 수 있다.

4보전금 처리

난임시술비 지원금 받은 건 빼야 하나요?

지원금을 받았다면 본인이 지출한 비용만 기준이라서 채워진 금액은 빼고 따져요. 지원금별 처리는 회사 담당자나 국세청 126에 물어요.

  • ✓영수증 합계와 지원금·보험금 받은 금액을 나란히 적어요. 병원과 약국 영수증, 지원 기관 안내문을 함께 모아요.
  • ✓본인이 낸 금액은 영수증 합계에서 받은 지원금을 뺀 값이에요. 이 금액이 공제 계산의 기준이에요.
  • ✓홈택스 의료비 금액이 내가 실제 낸 금액과 같은지 맞춰 봐요. 다르면 회사 담당자에게 어느 금액을 낼지 물어요.
  • ✓처리 세부는 회사 연말정산 담당자 가 안내해요. 국세청 상담센터 126에서도 물을 수 있어요.

난임 지원금이나 보험금을 받았다면 공제를 계산하기 전에 내 주머니에서 나간 금액이 얼마인지부터 가려요. 소득세법은 난임시술을 위해 지출한 비용을 공제 대상으로 적어요. 그래서 지원금이나 보험금으로 이미 채워진 부분은 빼고 본인이 낸 금액을 기준으로 삼는 쪽이 맞아요. 지원금마다 처리 세부가 달라서 지원 기관 안내와 회사 연말정산 담당자 확인이 필요해요.

근거 조문 보기

소득세법 제59조의4 제2항 제4호 난임시술”이라 한다)을 위하여 지출한 비용(난임시술과 관련하여 처방을 받은 「약사법」 제2조에 따른 의약품 구입비용을 포함한다)

지원금을 빼고 남은 금액에도 30%가 적용되나요

네, 본인이 낸 금액이 남으면 그 금액에 30%가 적용돼요. 일반 의료비 부족분을 먼저 빼는 순서는 그대로예요.

지원금을 뺀 뒤에도 난임시술을 위해 본인이 낸 비용이 남으면 남은 금액이 난임시술비로 계산돼요. 이 금액에 30%를 적용하기 전에 일반 의료비가 총급여 3%에 못 미치는 부족분이 있으면 먼저 빼요. 결과적으로 지원금을 많이 받을수록 공제 계산 금액은 줄어요.

?자주 묻는 질문

연말정산, 이것도 궁금해요

A

난임시술을 위해 지출한 비용에는 30%가 적용돼요. 일반 의료비 15%, 미숙아·선천성이상아 20%보다 높아요.

떠나기 전 체크

  • ✓난임시술비는 의료비 세액공제 30%가 적용되고, 처방받은 약국 약값도 같은 항목에 들어가요.
  • ✓홈택스에서 병원·약국 의료비를 조회하고, 안 보이는 내역은 누락 의료비로 신고해요.
  • ✓일반 의료비가 총급여의 3%에 못 미치면 그 부족분을 난임시술비에서 먼저 빼고 30%를 곱해요.
  • ✓지원금이나 보험금을 받았다면 영수증 합계와 받은 금액을 따로 적어 본인이 낸 금액만 기준으로 삼아요.

출처

✓2026-10-22 검증
법령
소득세법 제59조의4 특별세액공제 — 제2항 의료비 세액공제율과 난임시술 비용·처방 의약품 구입비용, 제6항 공제 신청
행정규칙·안내
국세청 편리한 연말정산 이용방법 — 연말정산 유형별 서비스, 간소화자료 출력·PDF·간편제출, 맞벌이 절세 안내 · 실손보험 청구 전산화가 의원·약국을 포함하여 확대 시행됩니다 — 실손24 청구전산화 전송 서류, 약국 포함 요양기관 참여 요청 방법
검증 방법
검증 방법 — 본문의 공제율과 인용은 법제처 소득세법 제59조의4와 국세청·금융위원회 화면을 직접 열어 추출한 원문과 대조했어요(2026-10-22). 지원금 처리와 실제 공제액은 회사 연말정산과 세무서 판단을 따라요.

이 글은 법령과 공식 안내를 바탕으로 정리한 참고 자료예요. 개별 사안은 관할 기관이 결정해요. 법령이 바뀌면 표와 위젯의 숫자를 함께 갱신해요.

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